Les assainissements réalisés régulièrement au cours de la période d'activité du CEP ont été complétés, à l'arret des essai en 1996 et jusqu'en 1998, par des opérations de réhabilitation des sites visant à éliminer toutes les structures en place, à l'exception de celles nécessaires à l'accueil du personnel chargé du gardiennage des sites.

 

Les déchets radioactifs issus des opérations d'assainissement ont été, en fonction de leur niveau d'activité massique, soient immergés soient enfouis dans deux puits spécifiquement creuses sur l'atoll de Mururoa.

L'inventaire des déchets radioactifs présents sur l'atoll de Muruoa et l'activité résiduelle des sédiments de lagon et des laves des cavités-cheminées a fait l'objet d'une déclaration à l'Agence nationale pour la gestion des déchets radioactifs (Andra). Les données sont disponibles dans les fiches de l'observatoire national des déchets radioactifs concernant les deux atolls.